Le Lys du Sahara est commun dans tout le Sahara, mais il ne fleurit qu'en automne après des pluies d'été.
Les pluies d'été sont régulières dans le Sud du Sahara et dans le Sahel ; les botanistes voyageurs qui parcourent ces zones en automne ne peuvent pas manquer ses magnifiques fleurs blanches.
Par contre les pluies d'été sont rares dans le Nord du Sahara ; le Lys est présent sous la forme de bulbes qui peuvent rester en dormance pendant de nombreuses années ; les botanistes qui préfèrent planifier leurs expéditions au printemps n'ont pas l'occasion de répertorier cette espèce.